Kursplan för Systembiologi

Kursplanen innehåller ändringar
Se ändringar

Kursplan fastställd 2020-02-19 av programansvarig (eller motsvarande).

Kursöversikt

  • Engelskt namnSystems biology
  • KurskodKMG060
  • Omfattning7,5 Högskolepoäng
  • ÄgareMPBIO
  • UtbildningsnivåAvancerad nivå
  • HuvudområdeBioteknik
  • InstitutionLIFE SCIENCES
  • BetygsskalaTH - Mycket väl godkänd (5), Väl godkänd (4), Godkänd (3), Underkänd

Kurstillfälle 1

  • Undervisningsspråk Engelska
  • Anmälningskod 08112
  • Max antal deltagare60
  • Blockschema
  • Sökbar för utbytesstudenterJa

Poängfördelning

0107 Tentamen 7,5 hp
Betygsskala: TH		7,5 hp
  • 24 Okt 2020 em J
  • 07 Jan 2021 fm J
  • 24 Aug 2021 em J

I program

Examinator

  • Martin Engqvist
Gå till kurshemsidan (Öppnas i ny flik)

Behörighet

Grundläggande behörighet för avancerad nivå
Sökande med en programregistrering på ett program där kursen ingår i programplanen undantas från ovan krav.

Särskild behörighet

Engelska 6
Sökande med en programregistrering på ett program där kursen ingår i programplanen undantas från ovan krav.

Kursspecifika förkunskaper

Kemi, biokemi, matematik (linjär algebra, flervariabelanalys, differentialekvationer), cell-och molekylärbiologi.

Syfte

Syftet med kursen är att ge studenterna en fundamental förståelse för: 1) hur matematisk modellering av biologiska system kan användas för att nå nya biologiska insikter och 2) hur biologiska "high-throughput" data kan analyseras. Det övergripande målet är att studenterna ska ha en solid överblick över hur systembiologi påverkar modern medicinsk, bioteknisk och näringsvetenskaplig forskning.

Lärandemål (efter fullgjord kurs ska studenten kunna)

En godkänd student förväntas kunna:
  • Beskriva systembiologins principer.

  • Beskriva cellulära nyckelfunktioner så som transkription, translation, signalering och proteinutsöndring.

  • Använda matrisnotering för att beskriva stökiometrin i metabola nätverk

  • Beskriva hur metabola nätverk kan rekonstitueras med hjälp av biokemisk och genomisk information

  • Beskriva hur genomvida metabola modeller (GEMs) kan användas för att analysera cellulär fysiologi

  • Beskriva begränsningarna för celltillväxt och hur biologiska och fysiska villkor kan appliceras för att modellera den.

  • Beskriva hur GEMs används inom forskning som berör mänskliga sjukdomar

  • Beskriv hur "meta-omics" data kan analyseras.

  • Beskriva principerna bakom RNAseq

  • Beskriva principerna bakom proteomics

  • Beskriva principerna bakom metabolomics

  • Ge 5 exempel på hur GEMs används inom modern biologi

Innehåll

Kursen beskriver hur systembiologi påverkar medicin, bioteknologi och livsmedelsvetenskap. Kärnan i systembiologi är kvantitativ analys av cellulära funktioner. I kursen kommer alla cellulära processer att diskuteras på ett kvantitativt sätt. Kursen kommer att ge insikter angående hur metabola nätverk kan rekonstrueras från biologisk ochgenomisk information. Topologisk analys av genomvida metabola modeller (GEM) kommer att utföras och grundläggande principer inom metabola nätverk kommer att diskuteras och analyseras. Kursen kommer även att ge a kort introduktion till olika metoder för hur man genererar så kallad omics-data, t.ex. data relaterat till transkriptom, proteom och metabolom, samt hur man analyserar dessa. Slutligen så kommer kursen att presentera, med hjälp av kvantitativ data, vad som driver på och vad som begränsar cellers tillväxt. Genom hela kursen kommer vi att ge exempel på vetenskapliga studier av jäst, inom livsmedelsvetenskap samt inom medicin.

Organisation

Kursen innehåller föreläsningar och datorövningar.

Litteratur

Forskningsartiklar och annat relevant material kommer att tillhandahållas i digital form, tillsammans med presentationer och övningar. Dessa material kommer att göras tillgängligt på studentportalen ping pong http://pingpong.chalmers.se.

Examination inklusive obligatoriska moment

Examination är en fyra timmars skriftlig tentamen. Alla datorövningarna är obligatoriska och rapporter från dessa måste vara godkända för godkänd kurs.

Kursplanen innehåller ändringar

  • Ändring gjord på tentamen:
    • 2020-09-30: Plussning Inte längre plussning av GRULG
      Beslut GRULG, plussning ej tillåten
    • 2020-09-30: Plussning Inte längre plussning av GRULG
      Beslut GRULG, plussning ej tillåten
  • Ändring gjord på kurstillfälle:
    • 2020-04-16: Block Block C tillagt av lina haglund
      [Kurstillfälle 1]