Kursplan för Tillämpad bioinformatik

• Tillämpa och genomföra analyser med etablerade bioinformatikmetoder för biologisk sekvensanalys, inklusive parvis- och multipel sekvensalignering och evolutionära aspekter.
• Tillämpa etablerade tekniker för mappning av NGS-avläsningar av ett referensgenom, förstå och genomföra effektiv sökning av sekvenslikheter.
• Beskriva och tillämpa metoder för de novo sekvensinsamling av data som genererats av nästa generations DNA-sekvensiering.
• Tillämpa och implementera metoder för prediktion av gener och genfunktioner och utföra annotering av DNA-sekvenser. Särskild tonvikt kommer att läggas på Hidden Markov modeller (HMM).
• Diskutera beräkningsproblem vid analys av sekvensdata i liten och stor skala, inklusive algoritmiska begränsningar och behov av heuretiska metoder.
• Diskutera och tillämpa analys av anrikning av genset och hur den kan användas för biologisk tolkning av resultat från omics data.
• Diskutera och tillämpa olika metoder för att kombinera omics data från flera plattformar.
  

Kursen är en avancerad kurs i bioinformatik, valbar inom programmet bioteknik. Kursen avser att ge studenterna praktisk kunskap om de metoder som används inom avancerad bioinformatik med fokus på sekvensanalyser och detaljstudier av underliggande algoritmer. Kursinnehållet inkluderar sekvensalignering, mappning, insamling av sekvenser, genprediktion och annotering av genom (namngivning av genomets gener). Kursen går också in på integrativ analys och tekniker för att kombinera kvantitativa data från olika former av omics data. Kursen innehåller flera datorövningar för att ge studenterna erfarenhet av arbete med sekvensanalyser och tolkning av omics data. Datorövningarna baseras på programmeringsspråken Python och R och kommer att presenteras successivt för studenterna under hela kursen.

• En kort inledande övning för att bli bekant med Linux-miljön
• En första introduktion av programmering i Python
• Praktiskt genomförande och tillämpning av sekvensalignering/kartläggning. Algortimer
• Insamling och avläsning av genomer
• Tillämpning av GSA/multiomics metoder för hantering av större omics data. Exempel från t.ex. TCGA
  

Kursen har ingen lärobok. Studenterna kommer att tillhandahållas relevant litteratur och förväntas använda tillförlitliga internetkällor.