Kursplan för Tillämpad bioinformatik

Kursplan fastställd 2020-02-20 av programansvarig (eller motsvarande).

Kursöversikt

  • Engelskt namnApplied bioinformatics
  • KurskodBBT045
  • Omfattning7,5 Högskolepoäng
  • ÄgareMPBIO
  • UtbildningsnivåAvancerad nivå
  • HuvudområdeBioteknik
  • InstitutionLIFE SCIENCES
  • BetygsskalaTH - Mycket väl godkänd (5), Väl godkänd (4), Godkänd (3), Underkänd

Kurstillfälle 1

  • Undervisningsspråk Engelska
  • Anmälningskod 08120
  • Max antal deltagare30
  • Sökbar för utbytesstudenterJa

Poängfördelning

0119 Tentamen 7,5 hp
Betygsskala: TH		 7,5 hp
  • Kontakta examinator
  • Kontakta examinator
  • Kontakta examinator

I program

Examinator

Gå till kurshemsidan (Öppnas i ny flik)

Behörighet

Grundläggande behörighet för avancerad nivå
Sökande med en programregistrering på ett program där kursen ingår i programplanen undantas från ovan krav.

Särskild behörighet

Engelska 6
Sökande med en programregistrering på ett program där kursen ingår i programplanen undantas från ovan krav.

Kursspecifika förkunskaper

Grundläggande kunskaper i biologi och statistik. Erfarenhet av programmering är en fördel. Studenter med annan bakgrund ombeds kontakta kursens examinator.

Syfte

Kursen avser att ge grundläggande kunskaper för användning av bioinformatikmetoder för biologiska sekvensanalyser, och träning i praktisk analys av "nästa-generations sekvenserings" (NGS) -data. Kursen ska bidra till att studenten får en övergripande bild av bioinformatikmetoder och god kunskap om "nästa-generations sekvenserings" -analyser.

Lärandemål (efter fullgjord kurs ska studenten kunna)

  • Tillämpa och genomföra analyser med etablerade bioinformatikmetoder för biologisk sekvensanalys, inklusive parvis- och multipel sekvensalignering och evolutionära aspekter.
  • Tillämpa etablerade tekniker för mappning av NGS-avläsningar av ett referensgenom, förstå och genomföra effektiv sökning av sekvenslikheter.
  • Beskriva och tillämpa metoder för de novo sekvensinsamling av data som genererats av nästa generations DNA-sekvensiering.
  • Tillämpa och implementera metoder för prediktion av gener och genfunktioner och utföra annotering av DNA-sekvenser. Särskild tonvikt kommer att läggas på Hidden Markov modeller (HMM).
  • Diskutera beräkningsproblem vid analys av sekvensdata i liten och stor skala, inklusive algoritmiska begränsningar och behov av heuretiska metoder.
  • Diskutera och tillämpa analys av anrikning av genset och hur den kan användas för biologisk tolkning av resultat från omics data.
  • Diskutera och tillämpa olika metoder för att kombinera omics data från flera plattformar.

Innehåll

Kursen är en avancerad kurs i bioinformatik, valbar inom programmet bioteknik. Kursen avser att ge studenterna praktisk kunskap om de metoder som används inom avancerad bioinformatik med fokus på sekvensanalyser och detaljstudier av underliggande algoritmer. Kursinnehållet inkluderar sekvensalignering, mappning, insamling av sekvenser, genprediktion och annotering av genom (namngivning av genomets gener). Kursen går också in på integrativ analys och tekniker för att kombinera kvantitativa data från olika former av omics data. Kursen innehåller flera datorövningar för att ge studenterna erfarenhet av arbete med sekvensanalyser och tolkning av omics data. Datorövningarna baseras på programmeringsspråken Python och R och kommer att presenteras successivt för studenterna under hela kursen.


Kursen kommer att vara projektorienterad. Studenterna kommer att arbeta i Unix-miljöer, ämnen för datorövningar inkluderar:

  • En kort inledande övning för att bli bekant med Linux-miljön
  • En första introduktion av programmering i Python
  • Praktiskt genomförande och tillämpning av sekvensalignering/kartläggning. Algortimer
  • Insamling och avläsning av genomer
  • Tillämpning av GSA/multiomics metoder för hantering av större omics data. Exempel från t.ex. TCGA

Organisation

Kursen innehåller föreläsningar, praktiska övningar och projektarbete. Projektet kommer att genomföras med 2-3 studenter i varje grupp och ämnesområde väljs med stöd av handledare. Resultaten kommer att presenteras i form av skriftlig rapport och muntlig redovisning.

Litteratur

Kursen har ingen lärobok. Studenterna kommer att tillhandahållas relevant litteratur och förväntas använda tillförlitliga internetkällor.

Examination inklusive obligatoriska moment

Slutbetyget kommer att baseras på grupprojektets skriftliga och muntliga redovisning samt skriftlig examination.